Con excepción de los cultivos en los cuales el producto útil son las raíces, en el resto de cultivos las evaluaciones de desarrollo y producción se concentran en la parte aérea de la planta. Varias explicaciones se tienen al respecto: 1) Con las mediciones de la parte aérea se han logrado avances importantes; 2) La evaluación de las raíces es costosa y laboriosa, lo que impide un seguimiento sistemático en comparación con las evaluaciones de la parte superior de la planta; y 3) Las metodologías para evaluar el crecimiento de las raíces y su interacción con los microorganismos del suelo no se han aplicado suficientemente.

Para entender el proceso integral de crecimiento y producción de los cultivos, en la investigación agrícola actual se está haciendo énfasis en el seguimiento del crecimiento de las raíces y su interacción con la fauna microbiana. Se cuenta con metodologías de laboratorio para la identificación más precisa de los microorganismos del suelo que inciden en la absorción de nutrimentos o en la sanidad de las raíces, y para la identificación y el seguimiento indirecto del crecimiento de éstas, sin necesidad de extraerlas del suelo.

Cenicaña está incorporando dichos avances en sus investigaciones y actualmente adelanta en conjunto con la Universidad de la Florida una tesis de doctorado titulada “Efecto de la compactación del suelo en el desarrollo y la producción de la caña de azúcar”. Además, con el propósito de entender mejor el dinámico ambiente de la rizosfera se han formulado proyectos de muestreo y caracterización de microorganismos del suelo.