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Convenios interinstitucionales vigentes
Universidad de Córdoba, Colombia, septiembre de 2007: contrato de prestación de servicios.
Universidad de Pamplona, Colombia, julio de 2007: para que los estudiantes de la Universidad puedan desarrollar su práctica en Cenicaña.
Compañía Azucarera La Estrella S.A., Panamá, 10 de mayo de 2007: contrato de licencia y pago de regalías por variedades vegetales.
Ethanol Consortium Borad, Colombia, 15 de marzo de 2007: contrato de licencia y pago de regalías por variedades vegetales.
Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira, Colombia, 8 de octubre de 2007: convenio de cooperación por cinco años entre la Universidad Nacional de Colombia y Cenicaña.
Cámara Nacional de las Industrias Azucarera y Alcoholera (CNIAA), México, octubre de 2006: convenio específico de cooperación técnica y financiera para el desarrollo de cruzamientos de variedades de caña de azúcar.
Universidad ICESI, Colombia, octubre de 2006: convenio interinstitucional de cooperación técnica, académica e investigativa.
Sociedad Agrícola e Industrial San Carlos S.A., Ecuador, septiembre de 2006: contrato de licencia y pago de regalías por variedades vegetales, CC 85-92
Agroindustrial Laredo S.A.A., Perú, septiembre de 2006: contrato de licencia y pago de regalías por uso de las variedades CC 85-92 y CC 87-434
Universidad del Valle, Colombia, 17 de junio de 2005: suscrito además por el Centro Internacional de Entrenamiento e Investigaciones Médicas (Cideim), la Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria (Corpoica), el Centro Internacional de Agricultura Tropical (Ciat) y Cenicaña, para fortalecer los desarrollos académicos e investigativos de las entidades participantes y propiciar el intercambio de investigadores.
Universidad Industrial de Santander (UIS), Colombia, 4 de octubre de 2004: con el objeto de aunar esfuerzos técnicos para el fortalecimiento de la capacidad investigativa, de desarrollo tecnológico y la realización de servicios técnicos especializados.
 
Estación Experimental Agroindustrial “Obispo Colombres” (EEAOC), Argentina, 30 de junio de 2004: para desarrollar actividades de investigación conjuntas y facilitar el intercambio tecnológico en el área de caña de azúcar.
Universidad Católica de Manizales, Colombia, 13 de mayo de 2004: para que los estudiantes de la Universidad puedan desarrollar su práctica en Cenicaña.
Universidad de Caldas, Colombia, 17 de marzo de 2004: para que los estudiantes de la Universidad puedan desarrollar su práctica en Cenicaña.
Audubon Sugar Institute (ASI), Louisiana State University (LSU), USA, 7 de febrero de 2003: con el objetivo de cooperar en actividades de investigación, extensión y enseñanza.
Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura (IICA), Colombia, 9 de abril de 2001: con el objeto de apoyar los diferentes programas de investigación en caña de azúcar en la contratación de personal técnico altamente calificado, nacional o extranjero, y la implementación de laboratorios y equipos.
Instituto Colombiano Agropecuario (ICA), 4 de noviembre de 1999: con el fin de continuar recibiendo apoyo del ICA para introducción, cuarentena y exportación de variedades de caña de azúcar. Cenicaña prestará los servicios de diagnóstico de enfermedades y plagas en muestras remitidas por el Instituto, provenientes de zonas paneleras del país.
Departamento Administrativo de Gestión del Medio Ambiente (Dagma), Colombia, 9 de abril de 1999: para suministrar datos de la red meteorológica automatizada del sector azucarero que el Dagma utiliza como base de análisis para mejorar el manejo de la calidad del aire en la ciudad de Cali.
Universidad del Valle, Colombia, 10 de enero de 1999: con el propósito de continuar recibiendo la colaboración del Departamento de Ingeniería Mecánica de la Universidad en proyectos específicos del Programa de Procesos de Fábrica de Cenicaña.
Centro Internacional de Agricultura Tropical (Ciat), Colombia, junio de 1994: acuerdo de uso de lotes del Ciat para siembra de ensayos y experimentos de Cenicaña.
 
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