Los cuerpos de dirección y administración de Cenicaña están conformados de la siguiente forma:

Sala General
Integrada por representantes de los ingenios azucareros y los cultivadores de caña que firmaron el acta de constitución del Centro. Es la autoridad máxima de Cenicaña, tanto porque le corresponde elegir a la Junta Directiva y al Revisor Fiscal como porque le toca decretar las reformas de los estatutos.

Junta Directiva
Conformada por representantes de los ingenios y los cultivadores donantes y asocaña. Tiene el apoyo de un Consejo Consultivo que colabora en la definición de políticas en el marco de la ciencia y la tecnología, la protección del medio ambiente, la cooperación técnica y los derechos de propiedad intelectual, entre otros temas. Posee además un Comité de Programas y un Comité Ejecutivo:

Comité de programas. Se encarga de examinar las prioridades de los programas de investigación, emitir directrices para su ejecución y evaluar el desarrollo y la divulgación de los resultados; para estas tareas cuenta con el apoyo de los Comités de Investigación, cuyos miembros interactúan directamente con los investigadores de Cenicaña en las áreas de campo, cosecha y fábrica.

Comité ejecutivo. Coopera con el Director General del Centro en la definición de las políticas generales y ordinarias de la institución, y las políticas financieras y contables.

Dirección General
Actúa como representante legal del Centro. Presenta a la Junta Directiva los programas de trabajo, los proyectos de presupuesto y los estados financieros. Impulsa, supervisa y evalúa todos los trabajos necesarios para desarrollar los objetivos del Centro, y dirige el personal.