Características de las muestras para el análisis:

Tipo de muestras:

• Suelos
• Abonos orgánicos sólidos
• Compost en cualquier estado de maduración
• Abonos orgánicos líquidos
• Biofertilizantes

Cantidad requerida para el análisis:

• Suelos, abonos orgánicos sólidos y compost: Un peso mínimo de 200 gramos.
• Abonos orgánicos líquidos y biofertilizantes líquidos: Un volumen mínimo de 200 ml.

¿Cómo preparar las muestras para entregar en el laboratorio?

Toma de muestras de suelo:

Paso 1: selección del sitio de muestreo

• Ingrese a la parcela siguiendo un patrón aleatorio en zig-zag, según el diseño experimental y los tratamientos aplicados. La delimitación de las parcelas puede establecerse según las condiciones fisicoquímicas del lote.
• En parcelas con 10 surcos, descarte los 2 surcos de los bordes en ambos lados. Muestree del surco 3 al 7.
• Seleccione de 3 a 5 puntos de muestreo al azar dentro de uno o dos surcos. Si el análisis es de suelo rizosférico, estos puntos deben corresponder a 3 a 5 plantas.
• Tome muestras cercanas al surco del cultivo, a 20–30 cm de la base de la planta. Para muestras de suelo de rizosfera es importante desenterrar parte de la raíz, sacudir levemente y tomar porciones de suelos adheridas a la raíz de la cepa o planta.
• Considere la zona objetivo de aplicación de insumos (surco, entresurco, foliar, etc.) o prácticas agronómicas al seleccionar los puntos de muestreo.
• Este diseño aplica para parcelas de 10 surcos con separación de 1.65 m entre surcos y una longitud de surco de 30 m.

Paso 2: toma de la muestra

• Limpie la superficie del suelo: retire hojarasca, residuos, arvenses, piedras y material extraño.
• En cada punto:
  • Use un barreno media caña limpio y desinfectado (con alcohol al 70% o hipoclorito de sodio al 0.1%).
  • El operario debe usar guantes de nitrilo o látex nuevos y desinfectados.
  • Elimine piedras de la muestra y desagregue terrones grandes.
  • Tome suelo de las profundidades 10–20 cm o 20–40 cm, evitando los primeros centímetros superficiales.
• Recolecte entre 200 g a 400 g de suelo por punto.
• Deposite el suelo en bolsas Ziploc o de cierre hermético limpias (capacidad: 5–6 lb, tamaño: 17×15 cm o 25×18 cm).
• No llene completamente la bolsa. Deje 3–7 cm libres en la parte superior para permitir circulación de aire.

Paso 3: rotulación de la muestra

Etiquete cada bolsa con la siguientes indicaciones:

• Registre la ubicación del punto de muestreo con un GPS. Si no cuenta con uno, anote el nombre de la suerte, hacienda o lugar exacto del experimento.
• Proteja la etiqueta de la humedad, colocando una cinta transparente encima o marque directamente la bolsa ziploc.
• Etiquete cada bolsa con las siguientes indicaciones: descargar etiquetas.

Paso 4: transporte y almacenamiento

• Selle las bolsas y colóquelas en una nevera de poliestireno expandido.
• Incluya bolsas o geles refrigerantes congelados para mantener la cadena de frío.
• Transporte las muestras al laboratorio y almacénelas entre 6 °C y 8 °C hasta su procesamiento.

Toma de muestras de de abonos orgánicos y biofertilizantes sólidos:

Paso 1: selección del sitio de muestreo

• Identifique las áreas de la pila de abono que se desean muestrear.
• Tome muestras de diferentes puntos para obtener una muestra representativa:
  • Por ejemplo, recolectar 3 muestras de la parte superior, ubicadas a unos 10 cm hacia el interior de la pila.
• Evite muestrear:
  • La parte inferior en contacto con el suelo.
  • La superficie del abono, que puede estar contaminada por factores ambientales.

Paso 2: toma de la muestra

• De cada pila, tome entre 3 a 5 muestras mínimas.
• Utilice guantes de nitrilo o látex nuevos, limpios y desinfectados.
• Con una pala o cuchara desinfectada (alcohol al 70% o hipoclorito de sodio al 0.1%), recolecte entre 100 g y 300 g por punto.
• Introduzca cada muestra en bolsas Ziploc de cierre hermético, de tamaño 17 × 15 cm o menor (ej. 15 × 16 cm).
• Homogenice las muestras si es necesario.
• Retire materiales indeseados como piedras, residuos no descompuestos o materiales extraños.
• No llene completamente la bolsa. Deje 3–7 cm libres en la parte superior para permitir circulación de aire.

Paso 3: etiquetado de la muestra

• La etiqueta debe contener:
  • Fecha y hora de toma de muestra.
  • Identificación del sitio de muestreo.
  • Tipo de abono orgánico.
  • Tiempo de estabilización o maduración del abono.
  • Tipo de tratamiento aplicado en la elaboración (si aplica).
  • Nombre de la persona que tomó la muestra.
• Proteja la etiqueta contra humedad usando cinta adhesiva transparente.

Paso 4: Transporte y Almacenamiento

• Selle las bolsas correctamente y colóquelas en una nevera de poliestireno expandido.
• Incluya bolsas o geles refrigerantes congelados para mantener la muestra en frío.
• Transporte al laboratorio y almacene entre 6 °C y 8 °C hasta su procesamiento.

Nota: Responsabilidad del cliente

• Garantizar que las muestras cumplan con los requisitos establecidos en cuanto a rotulación, cantidad mínima y condiciones del envió.

• En caso de que las muestras no cumplan con los requisitos establecidos, el laboratorio se contactará con el cliente para definir los pasos a seguir o realizar los ajustes necesarios

¿Cómo se reciben las muestras en el laboratorio?

Recepción y aceptación de las muestras. El auxiliar de laboratorio hace la recepción de la muestra, confirmación del recibido y cumplimiento de los requisitos de toma y envío de la muestra para continuar con la ejecución el análisis microbiológico.

¿Dónde se entregan las muestras para el análisis?

Las muestras deben ser entregadas a las oficinas de asistentes de investigación en Nutrición y fertilidad-Microbiología de suelos localizado en la Estación Experimental de Cenicaña, de lunes a viernes, en horario de 7:30 am a 12:00 m y de 1:00 pm a 3:30 pm.

Estación Experimental de Cenicaña 
Vía Cali-Florida km 26. San Antonio de los Caballeros, Florida, Valle del Cauca.
Teléfono: (602) 524 66 11 – ext. 5194
Email: Labcrom@cenicana.org

Valor del servicio por tipo de análisis

Valor de los servicios de análisis microbiológicos de suelos y abonos orgánicos por grupos microbianos individuales

Valor de análisis microbiológico de suelos y abonos orgánicos para 3 a 5 grupos microbianos

Tipos de muestra: suelos, rizosfera, Compost en diferentes estados de estabilización, té de compost, bocashi, abonos orgánicos líquidos fermentados, enmiendas orgánicas, bioestimulantes orgánicos.

Análisis microbiológico de biofertilizantes (inoculantes microbianos individuales, mixtos o biofertilizantes líquidos producidos por fermentación)

Caracterización microbiológica general

Pureza y Recuento de principios activos (Abundancia en UFC/g o ml)

• El valor depende del grupo microbiano.
• Asimismo, se contempla la cuantificación de grupos microbianos como Azospirillum, Azotobacter, Pseudomonas, Streptomyces, Bacillus y el valor por muestra oscilará entre $90.000 y $120.000 según el grupo microbiano.

Identificación taxonómica molecular de bacterias

El servicio incluye:

• Extracción de ADN genómico total de aislamientos bacterianos
• Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para la amplificación de la región V1-V4 del gen ARNr 16s
• Secuenciación Sanger

Producto: Informe técnico con la identificación taxonómica molecular de bacterias

• Secuencias de ADN -lecturas en formato txt o fast

Valor: $257.000 por aislamiento bacteriano

Caracterización de la comunidad bacteriana de suelos por librerías metagenómicas del gen ARNr 16s región V3-V4.

Librerías de amplicones del gen ARNr 16s región V3-V4 por secuenciación por Illumina PE250-NovaSeq 6000 System

Tipos de muestras: suelos y abonos orgánicos sólidos-matrices similares a suelos (compost).

El servicio incluye:

• Extracción de ADN genómico total de suelo
• Verificación de calidad del ADN por Nanodrop y electroforesis
• Secuenciación por Illumina PE250-NovaSeq 6000 System
• Procesamiento bioinformático de las librerías. Gráficos de composición y abundancia de secuencias variantes de amplicones de la comunidad bacteriana. Índices de diversidad alfa y beta, bases de datos de composición y riqueza de ASV con la clasificación taxonómica de la comunidad bacteriana. Análisis de comunidad bacteriana central, redes de co-ocurrencia.

Producto:

• Librerías de amplicones del gen ARNr 16s región V3-V4 en formato FASTQ
• Datos del análisis bioinformático de las librerías metagenómicas
• Un informe técnico del análisis de comunidades bacterianas de suelo

Precio por muestra: $600.000

Resultados y tiempos de entrega del análisis

Los tiempos de respuesta desde la recepción de la muestra y de emisión del informe y los resultados se describen en la siguiente tabla:

*La entrega de los resultados depende de los tiempos de incubación según cada grupo microbiano, el volumen de trabajo de los laboratorios, de las características inherentes a una muestra y reprocesos por validación de resultados. Asimismo, el tiempo de espera para análisis de 3, 4 y 5 grupos microbianos dependerá del grupo microbiano que tenga la tasa de crecimiento más lenta.

Aseguramiento de la calidad de los resultados

Personal y equipos:

• El laboratorio cuenta con personal altamente capacitado, equipos e instrumentos calificados y controles de calidad para garantizar que resultados emitidos sean confiables y cumplan con los estándares de calidad establecidos.

Confidencialidad y calidad:

• Los resultados serán entregados exclusivamente al cliente o a la persona autorizada por este, asegurando total confidencialidad sobre las muestras y los resultados obtenidos.
• Todos los análisis realizados están sujetos a controles de calidad internos, garantizando la precisión y veracidad de los resultados emitidos.

Metodologías para el análisis:

• Recuento de abundancia por la técnica de número más probable para la cuantificación de bacterias fijadoras de nitrógeno de vida libre en medio Nfb.          
• Abundancia de grupos microbianos por la técnica de recuento en placa (unidades formadoras de colonias -UFC/ g o ml de muestra): Bacterias solubilizadoras de fósforo inorgánico
• Medio de cultivo: NBRIP-Fuentes de fósforo: Fosfato tricálcico o roca fosfórica.
• Actinobacterias y diferenciación de colonias de Streptomyces-Medio de cultivo: Almidón soluble.
• Hongos filamentosos -Medio de cultivo: agar papa dextrosa Agar Rosa bengala.
• Levaduras Medio de cultivo: AgarSabouraud. 
• Bacterias aerobias formadoras de endosporas-Medio de cultivo:  Agar Tripticasa soya (TSA), Agar nutritivo, Agar Plate count (PCA).
• Bacterias heterótrofas totales-Medios de cultivo: Agar Plate count (PCA).
• Micorrizas: Extracción de esporas de Hongos micorrícicos arbusculares mediante tamizado húmedo, decantación y centrifugación en glucosa.
• Recuento en placa directo o Filtración por membrana y siembra en agar Chromocult.
• Identificación taxonómica molecular de bacterias-Extracción de ADN, PCR y secuenciación de la región V1-V4 del gen ARNr 16s 
• Caracterización de la comunidad bacteriana de suelos por librerias metagenómicas del gen ARNr 16s región V3-V4.
• Librerías de amplicones del gen ARNr 16s región V3-V4 por secuenciación por Illumina PE250-NovaSeq 6000 System

Todos los precios son vigentes a partir del 1 de febrero de 2025.